Cuando en el siglo XVI llegaron los españoles, el área maya se encontraba formada por una serie de pequeñas unidades políticas. La falta de un poder centralizado dificultó mucho su conquista, que se prolongó hasta finales del siglo XVII.

La práctica ausencia de metales preciosos, la diversidad del clima y las dificultades de comunicación terrestre, además de la fuerte tradición cultural indígena, son los rasgos que marcan el desarrollo de las zonas desde su desigual conquista hasta su independencia.

La lucha entre los mayas y los representantes de la Corona (funcionarios, frailes y propietarios particulares) determinará el comienzo de un proceso de marginación de los indígenas desde principios de la colonia hasta hoy día, materializado en la pérdida progresiva de las tierras, la transformación en mano de obra semiesclava y la lucha contra sus tradiciones y modos de vida. Pese a ello, el grado de resistencia en las zonas rurales se pone de manifiesto en la pervivencia de diversas variantes de lengua maya, las formas de construir las casas, determinados ritos religiosos y muchos útiles de origen prehispánico que aún perduran. En las zonas urbanas, la población blanca y mestiza controla la práctica totalidad de la actividad social, económica y cultural.